县水务局设下列内设机构：

办公室（财务审计科）、工程规划建设管理科（监督科、河长制工作科）、水资源管理科（政策法规科、行政服务科、执法监督科）、三峡移民科、农村水利与水土保持科、安全生产监管科、机关党总支。