县公安局设下列内设机构：

办公室、政治处、人民警察培训学校、行政服务科、警务保障室、信访科、审计科、指挥中心、法制大队、警务督察大队、科技情报大队、政治安全保卫大队、单位内部安全保卫大队、治安警察大队、刑事警察大队、经济犯罪侦查大队、禁毒大队、食品药品和环境犯罪侦查大队、巡特警大队、网络安全保卫大队、交通警察大队、出入境管理大队、如东县看守所、车辆管理所、如东县拘留所、机关党委、掘港派出所、城南派出所、马塘派出所、曹埠派出所、岔河派出所、新店派出所、双甸派出所、袁庄派出所、栟茶派出所、河口派出所、丰利派出所、洋口派出所、经济开发区派出所、长沙派出所、大豫派出所、环镇派出所、九总派出所。