县交通运输局设下列内设机构：

办公室、法规科（行政服务科）、财务审计科、运输管理科、建设管理科、铁路科、安全和环保科（应急办公室）、县国防动员委员会交通战备办公室、机关党委（党建办）、港口管理科。