如东县自然资源和规划局设下列内设机构：

办公室、财务审计科、自然资源调查监测与测绘科(自然资源确权登记科)、自然资源权益与利用科（行政服务科）、国土空间规划科、耕地保护与生态修复科(国土空间用途管制科)、海洋管理科、林业与矿产资源管理科、法规监督科（执法监督科）、安全生产监管科、机关党委。